El año pasado, el laboratorio de investigación DeepMind, perteneciente a Google, publicó las últimas novedades sobre AlphaFold, una herramienta capaz de predecir el plegamiento de las proteínas y, con ello, colaborar en la investigación de enfermedades de todo tipo.
Hacer este tipo de predicciones es muy necesario, pero también muy complicado. Son muchos los científicos y empresas que han intentado desarrollar algoritmos basados en inteligencia artificial para lograrlo. Pero no suelen ser suficientemente eficaces.
Por eso, existe una inspección que cada dos años se dedica a analizar los últimos avances en el tema, clasificándolos mediante un sistema de puntuación del 0 al 100, llamado GDT. En 2020, AlphaFold recibió las calificaciones más altas que hubiese obtenido jamás cualquier herramienta. Por eso, han seguido adelante con las mejoras de esta aplicación que, según acaban de anunciar, cuenta ya con todo el catálogo de proteínas humanas y también de algunas especies muy usadas en investigación. Además, será público, para que cualquier científico que necesite usarlo pueda hacerlo sin coste alguno.
La importancia del plegamiento de proteínas para la investigación de enfermedades
El plegamiento de proteínas es esencial para que estas puedan llevar a cabo correctamente su función biológica. Al proceso por el cual se despliegan y pierden su estructura tridimensional, se le conoce desnaturalización. Puede ser algo inocuo y reversible, como el motivo por el que el calor alisa el pelo. Sin embargo, si se da en proteínas con funciones importantes, puede estar detrás de muchas patologías.
Por eso, en la investigación de enfermedades es importante saber predecir estos plegamientos. Se puede hacer de forma experimental, pero es costoso, se tarda mucho tiempo y no es posible para algunas proteínas, como las de membrana, que son muy difíciles de cristalizar. Han hecho falta 50 años para dar una solución a esto.
Por eso, DeepMind, de Google, puso en marcha AlphaFold. Y ahora, gracias a sus últimos avances, publicados en varios estudios de Nature, se ha convertido en una herramienta sencilla, disponible para cualquier científico que la necesite.
DeepMind, de Google, al rescate
DeepMind, de Google, y el Instituto Europeo de Bioinformática han anunciado hoy su unión al Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) para convertir por fin la base de datos obtenida mediante AlphaFold en una realidad accesible.
En ella se encuentra el plegamiento de proteínas de 20 organismos muy importantes en la investigación de enfermedades. Es el caso, por ejemplo, de la bacteria Escherichia coli, la mosca de la fruta, el pez cebra o el ratón. Pero también aparecen las alrededor de 20.000 proteínas expresadas por el genoma humano. Es decir, todas las proteínas para cuya síntesis tenemos instrucciones en nuestro ADN.
Esta herramienta está en su mejor momento, pero no ha hecho más que empezar. Según han explicado en un comunicado, en los próximos meses esperan ampliar la cobertura a casi todas las proteínas secuenciadas conocidas por la ciencia. Esto serían unos 100 millones de estructuras, por lo que aún le queda mucho por crecer.