El episodio, mucho mejor que el anterior, consigue aunar la mitología y el ambiente de X-Files, manteniendo vivos los antiguos conceptos y la personalidad de los agentes, pero de una forma moderna. X-Files ha vuelto en plena forma.
A partir de aquí, spoilers completos del episodio. Nos encontramos con un episodio algo ajeno a la conspiración, uno de los "monstruos de la semana" en los que los agentes Mulder y Scully resolvían —o intentaban— un misterio paranormal: en este caso un misterioso sonido de alta frecuencia que afecta al Dr. Sanjay, un científico trabajando para Nugenics Technology, una empresa trabajando en investigación genética para el Departamento de Defensa de Estados Unidos.
Visiblemente enfermo, Sanjay acaba suicidándose con un abridor de cartas tras no poder soportar el sonido. En la autopsia, Scully encuentra escrito en la palma de su mano "La mutación del Fundador" —que da título al episodio—. El "Fundador" es el sobrenombre que tiene el Dr. Augustus Goldman, el fundador de la compañía para la que trabajaba Sanjay. Mientras tanto, Mulder se reúne con Gupta, el amante de Sanjay que narra —tras un interludio donde descubrimos que "la verdad está ahí... dentro— que Sanjay estaba preocupado por que "sus niños se están muriendo".
Al visitar la casa del fallecido, los agentes encuentran fotos de niños desfigurados justo antes de que Mulder sufra un ataque similar al que sufrió Sanjay.
Cosas malas ocurren cuando los pájaros se reunen
Tras conocer la verdad hace años, Skinner ahora apoya al duo de forma más abierta y evidente, y les permite seguir investigando el caso a pesar de las quejas del Departamento de Defensa, que prefiere que la investigación de Nugenics prosiga sin problemas.
Goldman se encuentra recluido en el hospital donde trabajaba Scully, cuando intentan hablar con él, se cruzan con una joven embarazada, Agnes —Kacey_Rohl (Hannibal, Once Upon a Time)—, que les dice que su niño no está bien, y que no quiere darlo en adopción nunca más. Tras un sueño con su hijo William, Scully consigue visitar donde los niños con mutaciones están siendo tratados por Goldman, y observan como una de las pacientes es aparentemente capaz de mover objetos. Es entonces cuando reciben una llamada: Agnes ha sido atropellada, al llegar descubren que el niño había sido extraído quirúrgicamente antes del accidente.
— Eso es el monolito. —¿Qué es un momomito? —Algunos piensan que es el primer contacto con extraterrestres. Otros piensan que es el comienzo del conocimiento humano...
Mulder descubre que Jacky, la ex-mujer de Goldman, ahora está alojada en un asilo psiquiátrico. Cuenta a los agentes como una vez, su propia hija había caído en la piscina hace más de diez minutos, pero seguía respirando de forma totalmente normal. Embarazada y tras enfrentase a su marido en busca de respuestas, Jackie tiene un accidente al huir y al salir del coche, escucha el mismo sonido agudo. Según ella, era su propio bebé comunicándose para salir, y con un cuchillo que llevaba en el bolso hizo una incisión en su abdomen y el bebé nunca fue encontrado.
Mulder observa en las cintas de video que uno de los encargados del hospital, Kyle —Jonathan Whitesell (Once Upon a Time, The 100)— también mostraba efectos de escuchar el sonido. Cuando van a visitarlo a su casa, Mulder escuche de nuevo el sonido y Scully lo detiene y lo llevan al hospital. Mientras el Fundador le hace análisis, Kyle pide ver a Molly —la chica que podía mover los objetos—, a la que se refiere como "su hermana". Kyle mata al Fundador aparentemente de forma telepática, y el Departamento de Defensa toma control de las instalaciones.
El episodio acaba con un segundo sueño sobre William, esta vez es Mulder, que hablan de la exploración espacial, con William declarando "que el irá al espacio" algún día. El sueño acaba con William siendo abducido de la misma forma que la hermana de Mulder.