Si quieres cambiar el formato con el que se graban las capturas de pantalla pero no te apetece estar paseándote por las opciones de configuración desde el terminal puedes usar esta sencilla aplicación, ScreenMat.
Puedes seleccionar entre PDF, PNG, JPG o GIF. Se trata de un pedazito de código freeware del que tienes disponible más información y la descarga de sus 44KB. aquí mismo.