Me he quejado amargamente varias veces de esto a los desarrolladores de software cuando se ha dado el caso (se dice el pecado, no el pecador). Si te encuentras tras un proxy y tienes aplicaciones que no puedes usar debido a que requieren una conexión a internet y no soportan precisamente la salida a través el primero estas de enhorabuena (como yo) ya que a partir de ahora puedes usar Proxifier.
Se trata de una herramienta que establecerá una conexión con el proxy por un lado para salir a internet y por el otro generará una conexión local al programa, el cual será usado como pasarela para "saltar" el proxy sin descuidar en ningún momento la seguridad y la privacidad. Se trata de una utilidad shareware cuya licencia de uso cuesta $39.95 USA.
También existe una versión para Windows (si queréis podéis usar algo gratuito en Windows, Proxomitron, que funciona de forma semejante y lo recuerdo de hace muuuchos años, espero que siga funcionando igual de bien).
Enlace: Proxifier