Otra de los misterios de Mac OS X para los no iniciados... La política del funcionamiento del botón rojo de las ventanas del Finder despista a más de uno y las preguntas "¿Si le he dado al botón rojo, el del aspa, por qué me sigue sonando la música? ¿Por qué siguen llegando correos?" son típicas.
Básicamente no hay una norma escrita y depende en gran medida de los requisitos del programa y la intención del programador, hay software que detiene su ejecución completa, como iPhoto y otros que se mantienen funcionando en segundo plano, como Mail.app por ejemplo.
Si tenéis dudas, queréis que profundicemos en algún tema en especial o pensáis que se puede mejorar decidlo en los comentarios o mediante el formulario de contacto, que para eso están ;-)